生物医药净化通风工程施工前先要科学制定其工作流程，比如洁净净化车间时，人和物体走动都会影响其空气洁净度，因此就必须要明确划分洁、污流线，设置好相应物流、人流通道，借助静压差压力表和独立压差计来控制空气流通，定时进行监控记录，确保不同区域之间空气质量都达标。
上海通风工程公司的净化车间要先检查其温湿度、照度、换气次数、尘埃粒子、微生物等等通风系统的诸多验证项目，确保合格才能投入使用。车间建设完毕后也要定期进行风量检查和高效过滤。
净化通风工程施工会对室内有酒精或者粉末，就要设置带过滤器的直排系统。然后，对于净化区域地面洁净工程也有相应处理方法。
生物医药净化通风工程施工后为确保其净化区空气洁净度基本都会采用三级过滤式空调，不管是初级、中级还是高级过滤装置都有其相应材质布料，对此空调及相应过滤装置就要定期进行清洗、更换和检修，一旦发现有问题就要及时处理。